11 квітня 1945 року Патріарх Йосиф був заарештований більшовиками і засуджений на 8 років каторги і примусової праці в Сибіру. Після закінчення цього терміну, без жодної причини засуджений вдруге на невизначений термін. У 1957 році засуджений втретє – на сім років каторжний робіт. Завдяки втручанням Папи Івана XXIII та президента США Кенеді його було звільнено у 1963 році для участі у Другому Ватиканському Соборі.
Упродовж наступних двадцяти років Патріарх Йосиф намагався активізувати життя Української Греко-Католицької Церкви на Заході. Він заснував Український Католицький університет і збудував Церкву Святої Софії в Римі. Написав багато наукових праць, декотрі мають двадцять томів.
Помер 1984 року. У 1992 році його останки перевезли до Львова, де вони, за участю понад мільйона вірних, були поховані в Архикатедральному соборі Святого Юра.
Розробка сайту